Lo primero que debes tener en cuenta es que Amazon no va a considerar las medidas de producto que les indiques tú, sino las que tomen ellos en sus almacenes.

Si quieres comprobar qué medidas ha establecido Amazon para ese producto concreto ve a Inventario -> Gestión de inventario de logística de Amazon y busca tu SKU. Una vez aparezca, pincha en el enlace con el número de SKU y te saldrá un resumen del producto mostrando el peso y las medidas según Amazon. Así podrás salir de dudas sobre donde se está clasificando.

Lo segundo que tienes que tener en cuenta es que el peso del producto no es el único que se considera a la hora de hacer los cálculos, sino también el del embalaje que ponga Amazon, con lo cual si estás en el límite de algún margen es posible que también pases al siguiente.

Si después de comprobar esto ves que el tamaño no es el correcto, yo abriría un caso para reclamarlo y que lo vuelvan a medir.

No se cual es la categoría de tu producto, pero voy a especular con que la comisión de venta sea del 15%, por lo tanto, basándome en los números que das y a ojo…

PVP = 15,99 €
Comisión por venta = 2,4 €
Comisión por gestión logística = 12,69 €-2,4 € = 10,29 €

Supongo que estamos hablando de un envío cross-borders, ya que aseguras que es un producto de tamaño pequeño (si no, las tarifas nacionales para envíos con ese coste ya se va a los productos de tamaño grande sin ninguna duda), así que calculo por la tabla de costes que estaríamos hablando de un producto de menos de 45x34x26, pero de un peso de entre 4 y 6 kilos, lo cual no cuadra con lo que indicas.

Si puedes comprobar el tamaño y peso que figura en Amazon y confirmar la categoría, se puede hacer un cálculo más exacto y ver de donde viene ese valor